生物技術被認為是最清潔、最安全、也是最經濟的廢水和廢棄物處理技術，然而，隨著抗生素、全氟化合物前體物等化學物質進入生物處理系統，會產生次生風險因子——抗生素耐藥細菌、抗性基因以及全氟化合物等，導致潛在的健康和生態風險，應當引起高度關注。 

由于次生風險因子的環境排放具有潛在的環境風險，需要加強針對這類殘留有害污染物的環境管理和高效去除技術的研究，必要時，控制或禁用這類化學品，這就提出了如何科學設定廢水和廢棄物中抗生素等化學物質的安全排放標準的問題。 

為了阻斷生物處理次生風險的產生和排放，在生物處理之前進行對于化學物質和病原菌等的源頭預處理去除是有效的技術途徑，同時結合生物處理過程控制以減少次生風險因子的產生，必要時可進行深度處理的末端保障。總之，在研究次生風險產生機制的基礎上，應該著力發展對常規污染物與抗性基因等次生風險因子協同控制的生物處理技術及組合工藝。